一、国家自然科学基金的申请程序
【申请者应认真阅读国家自然科学基金有关项目的申请办法、《国家自然科学基金申请指南》和当年的《国家自然科学基金项目指南》，以及申请通告，了解申请中的有关情况。】                                                        
【申请者必须按规定的格式和要求，认真、实事求是地填写《国  家自然科学基金申请书》；为郑重表示参加申请与合作研究，项目组主要成员应在申请书上亲自签名，他人不得代签；合作者所在单位必须加盖公章。】
【单位科研管理部门负责对本单位的申请项目严格审查并保证申请书陈述内容的真实性及核对填写内容与录入计算机的内容的一致性；学术委员会对研究项目的科学意义，研究特色和创新点、研究方法和技术路线的可行性等进行全面审查并签署意见；单位（包括合作单位）须对项目或批后的支持条件和监督执行等做出保证。】
【申请者所在单位按规定的受理时间，将申请书（一式六份）统一报送科学基金委员会对口科学部；将本单位申请项目清单及按规定录制的全部申请书简表内容的数字化信息报送信息中心。】
【科学部根据申请者填报的送审学科，将申请书分送各学科。】
二、关于填写申请书
　　科学基金的申请书是评价申请者的申请项目、确定是否予以资助的重要依据。申请人务必认真填写。在填写申请项目内容的同时要重视填写规范的要求，否则会影响评审的结果。申请书上所附的各项内容填写说明一定要认真阅读。国家自然科学基金委员会每年发布的有关申请的通告、说明，申请单位要及时告知申请者。这些文件的内容一般都是需要重点强调、或者是根据情况需要变动和增添的。当年要申请项目的申请者也要主动关注这些文件。
填报注意下列问题
　　①基本手续必须完备
　　申请者及项目组主要成员应在申请书上亲笔签名；申请者所在单位学术委员会应签署意见，所在单位应对申请人资格进行审查，并在“申请者所在单位领导的审查意见与保证”栏目加盖公章；合作者所在单位（指与申请者不在同一单位的项目组主要成员所在单位）加盖公章。项目组主要成员在境外，不能在申请书上亲笔签名，应附本人同意参加合作研究的信件。
　　②填准项目类别、申报学科名称及代码
　　申请者应准确填写项目类别，申报学科涉及多学科的可填写两个，先填为主学科（即送审学科），代码按自然科学基金委员会公布的学科分类目录及代码填写。
　　③同一项目组研究内容相近的项目，只允许报送一个学部的一个学科
　　为了避免同一项目组研究内容相近的项目重复申报的问题，《申请书》中已进一步明确规定同一项目组研究内容相近的项目，只允许报送一个学部的一个学科。
　　④申请者可提出不宜评议本项目的专家名单，密封于信件中，钉在申请书原件封面，或另专函至相关学科，供科学部选择同行评议人时参考。科学部将负责对此信息保密。
　　⑤承担的前一个已结题项目完成情况的说明
　　《申请书》中设置了一个专门栏目，要求申请者对其承担的前一个已结题科学基金资助项目的完成情况等加以详细说明。近年来，各科学部已采取切实措施，加强新申请项目的评审与已结题项目完成情况挂钩，申请者务必认真如实填写。
　　⑥在立论依据部分，对基础研究和应用基础研究的申请项目要求有所不同
　　《申请书》对基础研究和应用基础研究的申请项目要求有侧重不同的立论依据阐述，即对基础研究“着重结合国际科学发展趋势，论述项目的科学意义”；对应用基础研究“着重结合科学前沿，围绕国民经济和社会发展中的重要科技问题，论述其应用前景”。相应地在《同行评议意见》中，对基础研究和应用基础研究，着重评价的内容也有所不同，申请者填写时务必注意其侧重点。
　　⑦对无身份证的申请者，身份证栏的填写规定
　　对国防科工委、军队系统等无身份证的申请者，申请书中身份证号栏目按下列规定填写（身份证号栏目需填满15位数字）：
  1～6位 填写军官证、文职干部证等证件前6位号码，不足6位号码的，其余空位填写0。7～12位 填写出生年月，例如：1959年4月12日出生表示为590412。13～15位 男性填写881，女性填写882。
　　⑧新单位“单位代码”的填写
　　如果申请者所在单位还未列入自然科学基金委员会“单位代码”表，其申请书中单位代码填写方式为单位邮政编码（６位）后填“００”。科学基金委员会信息中心在收到申请书的计算机数字化信息后，将给予编号，并通知单位科研处。
三、重点说明：
1、申请书上要求签名的，他人不得冒签、代签。合作单位必须盖单位公章。
2、填写申请书立项依据栏目时，对“基础研究”和“应用基础研究”要以不同的侧重点加以论述。
3、项目组成员不在当地，不能在申请书上亲笔签名的要附本人同意参加的亲笔信件；合作单位不能盖章的，要附合作单位同意合作的盖有公章的信函。